Wojciech zmarł w szpitalu św. Józefa przy ul. Emilii Plater w Warszawie dnia 17 sierpnia 1939 roku, tuż przed najazdem Niemiec na Polskę. Okoliczności jego śmierci budzą kontrowersję. Jedna z hipotez utrzymuje, że cela Korfantego była pomalowana farbą wydzielającą opary arszeniku. Podobno operujący go chirurg, płk Szarecki zauważył owrzodzenie wątroby typowe dla zatruć właśnie arszenikiem 20 sierpnia 1939, po mszy w kościele Świętych Apostołów Piotra i Pawła i po pogrzebie gromadzącym ok. 5 tys. ludzi, został pochowany w grobowcu rodzinnym na Cmentarzu przy ul. Francuskiej w Katowicach